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ふんわり R-tips

ぜんぜんわからない、俺たちは雰囲気でRをやっている

R Markdownを導入して数式・グラフ・ソースコード付きのレポート作成

はじめに

R Markdownを導入してレポートを作成する方法について述べます。すでに、R Markdown、pandocについて知っている人向けに、最短で環境を構築して書き始めるにはどうすればいいんだっけ?という質問への回答エントリになっています。詳しい説明は、まったくしない(できない)ので、読み進める方は注意して下さい。

インストール

  • Rのコンソールでinstall.packages(“rmarkdown”)を実行

  • pandocのインストール

インストールの確認

library(rmarkdown)
pandoc_available()

インストールされていれば、rmarkdownのパッケージ呼び出しでエラーが出ず、pandoc_available()[1] TRUEが返ってきます。

R Markdownファイル(*.Rmd)の作成

Rawファイルと変換後のhtmlファイルをGithubにアップロードしています。

github.com

上記の例では、bernoulli.Rmdとしてファイルを作成します。日本語はShift JISで保存します。UTF-8だと文字化けします。

R MarkdownからHTMLを生成

library(rmarkdonw)
render("bernoulli.Rmd")

pandocを使えば、さらにPDF, MS Word, Beamer, ioslides, reveal.jsに変換することもできます。